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邓禹

职称：教授、博士生导师

学历/学位：研究生/博士

电话：13665117395

电子邮箱：dengyu@jiangnan.edu.cn

长期从事发酵工程，代谢工程，合成生物学，工业微生物等领域的研究，主要承担《细胞生物学》等课程的讲授工作。近5年来在Nucleic Acids Research, Biotechnology Advances, Metabolic Engineering等行业主流国际期刊发表SCI论文50余篇，申请发明专利40余项，其中授权25项；主持包括国家重点研发计划、国家自然基金等在内的国家及省部级科研项目10余项；江苏省杰出青年基金获得者、江苏省特聘教授、江苏省“双创人才”、江苏双创团队负责人、江苏省“六大人才高峰”、无锡市社会事业领军人才等荣誉称号。

工作经历

2015.1-现在：江南大学粮食发酵工艺与技术国家工程实验室，江苏特聘教授，江苏省双创人才，博士生导师, 代谢工程团队负责人；

2013.8-2014.12: 助理教授（Assistant Professor）, 生物与农业工程系(Department of Biological and Agricultural Engineering), 美国堪萨斯州立大学(Kansas State University)；

2011.5- 2013.6：博士后研究员(Postdoctoral Research Associate)，Thayer工学院(Thayer School of Engineering)，美国达特茅斯学院(Dartmouth College)。

学习经历

2007.8-2011.5： 美国弗吉尼亚联邦大学(Virginia Commonwealth University)，化学与生命科学工程专业(Chemical and Life Science Engineering)，工学博士导师：Dr. Stephen S. Fong, 教授；

2005.9-2007.6： 江南大学，亚 - 博Web版登入页面院, 发酵工程专业， 工学硕士，导师：陈坚，教授；

2001.9-2005.6：江南大学，生物工程专业，工学学士。

一、论文（论著）发表情况

部分代表性论文如下：

1.      Meng jia Wu, Junhua Di, Lei Gong, Yu-Cai He, Cuiluan Ma, Yu Deng*. Enhanced adipic acid production from sugarcane bagasse by a rapid room temperature pretreatment. Chemical Engineering Journal, (2022). https://doi.org/10.1016/j.cej.2022.139320. (IF=16.744)

2.      Shiyun Li, Wenxuan Fu, Ruifang Su, Yunying Zhao, Yu Deng*. Metabolic engineering of the malonyl-CoA pathway to efficiently produce malonate in Saccharomyces cerevisiae. Metabolic Engineering. 2022 May 25;73:1-10. doi: 10.1016/j.ymben.2022.05.007. Online ahead of print. (IF=8.829)

3.      Shenghu Zhou, Hal S Alper, Jingwen Zhou, Yu Deng*. Intracellular biosensor-based dynamic regulation to manipulate gene expression at the spatiotemporal level. Critical Reviews in Biotechnology. 2022, DOI: 10.1080/07388551.2022.2040415 (IF=9.062)

4.      Shiyun Li, Lizhou Ma, Wenxuan Fu, Ruifang Su, Yunying Zhao, Yu Deng*. A programmable synthetic upstream activating sequence library for fine-tuning gene expression levels in Saccharomyces cerevisiae. ACS synthetic Biology. 2022, 18;11(3):1228-1239. (IF=5.249).

5.      Mei Zhao, Zhenqi Yuan, Longtao Wu, Shenghu Zhou, Yu Deng*. Precise prediction of promoter strength based on a de novo synthetic promoter library coupled with machine learning. ACS synthetic Biology. 2022, 11(1):92-102. (IF=5.249).

6.      Shenghu Zhou, ShuoFu Yuan, Priya H. Nair, Hal S. Alper, Yu Deng*, Jingwen Zhou*. Development of a growth coupled and multi-layered dynamic regulation network balancing malonyl-CoA node to enhance (2S)-naringenin biosynthesis in Escherichia coli. Metabolic Engineering. 2021, 67:41-52. (IF=8.829).

7.      Yunying Zhao, Shiyun Li, Jing Wang, Yingli Liu, Yu Deng*. Roles of high osmolarity glycerol and cell wall integrity pathways in cadmium toxicity in Saccharomyces cerevisiae. International Journal of Molecular Sciences. 2021, 22(12):6169. (IF=6.208).

8.      Nana Ding, Shenghu Zhou, Yu Deng*. Transcription factor-based biosensor engineering for applications in synthetic biology. ACS synthetic Biology. 2021, 10(5):911-922. (IF=5.249).

9.      Shumin Xu, Linpei Zhang, Shenghu Zhou, Yu Deng*. (2021) Biosensor-based multi-genetic pathway optimization for enhancing the production of glycolate. Applied and Environmental Microbiology. 2021, 87(12):e0011321. (IF=5.005)

10.   Tingting Hao, Guohui Li, Shenghu Zhou*, Yu Deng*. Engineering the reductive TCA pathway to dynamically regulate the biosynthesis of adipic acid in Escherichia coli. ACS Synthetic Biology. 2021, 10(3):632-639. (IF=5.249)

11.   Nana Ding, Zhenqi Yuan, Xiaojuan Zhang, Jing Chen, Shenghu Zhou, Yu Deng*. Programmable cross-ribosome-binding sites to fine-tune the dynamic range of transcription factor-based biosensor. Nucleic acids research. 2020, 48(18):10602-10613. (IF=19.160)

12.   Shenghu Zhou, Tingting Hao, Shumin Xu, Yu Deng*. Coenzyme A thioester-mediated carbon chain elongation as a paintbrush to draw colorful chemical compounds. Biotechnology Advances. 2020, 43:107575. (IF=17.681)

13.   Li Wang, Guohui Li, Yu Deng*. Biosynthesis of diamines: research progress and application prospects. Applied and Environmental Microbiology, 2020, 86(23):e01972-20. (IF=5.005)

14.   Xi Zhang, Yunying Zhao, Yingli Liu, Jing Wang, Yu Deng*. Recent progress on bio-based production of dicarboxylic acids in yeast. Applied Microbiology and Biotechnology. 2020, 104: 4259-4272. (IF=5.560)

15.   Lixia Liu, Shenghu Zhou, Yu Deng*. 3-Ketoacyl-CoA thiolase: an engineer enzyme for carbon chain elongation of chemical compounds. Applied Microbiology and Biotechnology. 2020, 104(19):8117-8129. (IF=5.560)

16.   Guohui Li, Dixuan Huang, Xue Sui, Shiyun Li, Bing Huang, Xiao-Juan Zhang, Hui Wu, Yu Deng*. Advances in microbial production of medium-chain dicarboxylic acids for nylon materials. Reaction Chemistry & Engineering. 2020, 5(2): 221-238. (IF=5.200).

17.   Liying Ruan, Lu Li, Dian Zou, Cong Jiang, Zhiyou Wen, Shouwen Chen, Yu Deng*. Xuetuan Wei*. Metabolic engineering of Bacillus amyloliquefaciens for enhanced production of S-adenosylmethionine by coupling of an engineered S-adenosylmethionine pathway and the tricarboxylic acid cycle. Biotechnology for Biofuels. 2019, 12:211. (IF=7.670).

18.   Yuqing Tian, Yu Deng*, Wenli Zhang*, Wanmeng Mu. Sucrose isomers as alternative sweeteners: properties, production, and applications. Applied Microbiology and Biotechnology. 2019, 103(21-22):8677-8687. (IF=5.560).

19.   Kangjia Zhu, Guohui Li, Ren Wei, Yin Mao, Yunying Zhao, Aiyong He, Zhonghu Bai, Yu Deng*. Systematic analysis of the effects of different nitrogen source and ICDH knockout on glycolate synthesis in Escherichia coli. Journal of Biological Engineering, 2019, 13 (1), 30 (IF= 6.248)

20.   Mei Zhao, Dixuan Huang, Xiaojuan Zhang, Mattheos A.G. Koffas, Jingwen Zhou, Yu Deng*. Metabolic engineering of Escherichia coli for producing adipic acid through the reverse adipate-degradation pathway. Metabolic Engineering, 2018, 47:254-262. (IF =8.829)

21.   Yu Deng*, Ning Ma, Kangjia Zhu, Xuetuan Wei*, Yunying Zhao. Balancing the carbon flux distributions between the TCA cycle and glyoxylate shunt to produce glycolate at high yield and titer in Escherichia coli. Metabolic Engineering, 2018, 46: 28-34. (IF = 8.829)

22.   Na Chen, Jingya Wang, Yunying Zhao and Yu Deng*. Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae for efficient production of glucaric acid at high titer. Microbial Cell factories, 2018, 17:67. (IF = 6.352)

23.   Mei Zhao, Guohui Li, Yu Deng*. Engineering Escherichia coli for glutarate production as the C5 platform backbone. Applied and Environmental Microbiology, 2018, 84:e00814-18. (IF= 5.005).

24.   Yu Deng*, Xi Zhang, Xiaojuan Zhang. Recent advances in genetic modification systems for Actinobacteria. Applied Microbiology and Biotechnology, 2017, 101(6):2217-2226. (IF= 5.560).

25.   Yu Deng*, Adam Fisher, Stephen Fong. Systematic analysis of intracellular mechanisms of propanol production in the engineered Thermobifida fusca B6 strain. Applied Microbiology and Biotechnology, 2015, 99: 8089-8100. (IF=5.560)

二、专利情况

1      邓禹，张晓娟，毛银。一种己二酸的全生物合成方法，ZL201510369975.6，2018/8/28

2      邓禹，张晓娟，邹宗胜，周彤。一种植物乳杆菌发酵豆粕的方法，ZL201610399010.6，     2019/8/23

3      邓禹，赵梅，毛银，赵运英，卢伟强，陆春波。一种从发酵液中提取己二酸的方法，    ZL201710622975.1，2019/9/3

4      邓禹，陆春波，毛银，赵运英。一株乳酸片球菌及其应用，ZL201710585894.9，     2019/9/3

5      邓禹，陆春波，毛银，赵运英。一株副干酪乳杆菌及其应用，ZL201710585895.3，     2019/9/3

6      邓禹，杨菊，张晓娟，赵运英，毛银。一种5-羰基-2-戊烯酰基辅酶A还原酶突变体，    ZL201710623724.5，2019/9/17

7      邓禹，卢伟强，张晓娟，毛银。一株快速降解污水中氮素的菌株及其应用，    ZL201710139452.1，2019/10/8

8      邓禹，卢伟强，张晓娟，赵运英，毛银。一株小球藻及其在降解污水中的应用，    ZL201710565200.5，2019/10/8

9      邓禹，邹宗胜，赵运英，毛银。一株植物乳杆菌及其在发酵饲料方面的应用，        ZL201710749942.3，2019/11/19

10    邓禹，张晓娟，马宁。一种无基因敲除提高大肠杆菌中乙醇酸产率的方法，    ZL201610480579.5，2019/12/17

11    邓禹，赵梅，毛银，张晓娟，黄荻萱。一种提高大肠杆菌中己二酸产量的方法，    ZL201710117371.1，2020/2/18

12    邓禹，陈娜，张晓娟，毛银。一种构建重组酿酒酵母发酵生产葡萄糖二酸的方法，        ZL201710280402.5，2020/9/18

13    邓禹，赵梅，赵运英，毛银，周宇，隋雪，黄荻萱。一种产己二酸的大肠杆菌重组菌及其应用，ZL201711138990.5，2020/12/29

14    邓禹，陈娜，张晓娟，赵运英，毛银。一种提高酿酒酵母工程菌株发酵生产葡萄糖二酸的方法，ZL201810091278.2，2020/8/27

15    邓禹，朱康佳，李国辉，毛银，赵运英。一种快速检测大肠杆菌中乙醇酸产量的方法，        ZL2018114934151，2020/8/4

16    邓禹，马宁，张晓娟，赵运英，毛银。一种提高大肠杆菌中乙醇酸产率的方法，    ZL201810105170.4，2021/2/26

17 邓禹，赵梅，张熙，黄荻萱，毛银。一种戊二酸的全生物合成的方法，ZL201710512583.X，2021/7/27

18 邓禹，毛银，卫亚峰，陆春波，李国辉，赵运英，周胜虎。一种提高梭热杆菌纤维素酶酶活发酵方法，ZL2019109429091，2021/9/30

19 邓禹，李国辉，黄荻萱，毛银，赵运英，周胜虎。一种精确检测发酵液中丁二胺含量的方法，ZL201911179043X，2021/8/18

20 邓禹，李国辉，王莉，黄荻萱，毛银，赵运英，周胜虎。一种精确检测发酵液中戊二胺含量的方法，ZL2019111793832，2021/8/18

21 邓禹，赵运英，李杰，李国辉，毛银，周胜虎。一种提高酿酒酵母工程菌株合成葡萄糖二酸效率的方法，ZL2019114128234，2021/10/26

22 邓禹，李国辉，王莉，毛银，赵运英，周胜虎。一种精确检测发酵液中己二胺含量的方法，ZL2020102596467，2021/8/18

23 邓禹，徐淑敏，周胜虎，毛银，李国辉，赵运英。一种可反复消除的乙醇酸传感器及其构建方法，ZL2019109725521，2022/1/11

24 邓禹，赵运英，李杰，毛银，周胜虎，李国辉。一种提高酿酒酵母工程菌生产葡萄糖二酸的发酵方法，ZL2019114128643，2022/2/8

25 邓禹，赵梅，毛银，叶乘锋，张佳南，娜荷芽，汪敏，周宇辰。一种无需诱导剂提高大肠杆菌中乙醇酸产量的方法，ZL202010646581.1，2022/4/15

三、承担教学科研项目情况

1.     江苏省杰出青年基金项目，食品二元羧酸生物传感器理性设计与调控机制研究，项目编号SBK2022010219，2022年7月-2025年6月，经费150万元，项目主持；

2.     广西重点研发计划，微生物发酵粕关键技术研究及产业化应用，项目编号：桂科AB22035063，2022年1月-2024年12月，经费199万元，项目主持；

3.     天津市合成生物技术创新能力提升行动2020年度科技攻关，己二酸生物合成关键技术研究，项目编号 TSBICIP-KJGG-015-03，2021年1月-2023年12月，经费80万元，项目主持；

4.     国家重点研发计划课题，活性污泥底盘细胞的设计及污染物高效降解菌的构建，项目编号 2019YFA0905502，2020年1月-2024年12月，经费468万元，课题负责人；

5.     国家自然科学基金-面上项目，平衡大肠杆菌代谢流量分配高效积累乙醇酸，项目编号 21877053，2019年1月-2022年12月，经费67万元，项目主持；

6.     2017年江苏省“双创计划”，300万元，项目主持。

7.     国家自然科学基金-青年项目，乙醇酸合成途径基因在大肠杆菌中的模块化协调表达，项目编号 31500070，2016年1月-2018年12月，经费20万元，项目主持；

8.     2015年江苏特聘教授项目，50万元，项目主持；

9.     2016年江苏省“双创人才”高校创新，32万元，项目主持；

10.  江苏省自然科学基金-青年项目，代谢改造大肠杆菌高效积累乙醇酸的分子机理研究，项目编号BK20150136, 2015年7月-2018年6月，经费：20万元，项目主持；

11.  江南大学自主科研-重点项目，代谢改造大肠杆菌高效积累葡萄糖二酸，2017年1月-11.2019年12月，100万元，项目主持。

12.  2016年江苏省“六大人才高峰”，8万元，项目主持。

13.  横向科研，到账745万元，项目主持。

四、获奖情况（含指导学生获奖）

1. 江苏特聘教授，2015

2. 江苏省“双创人才”，2016

3. 江苏双创团队，2017

4. 江苏省“六大人才高峰”，2016

5. 无锡市社会事业领军人才，2015

6. 江南大学至善青年学者，2016, 2017

7. 粮油学会玉米深加工分会理事，2018

8. 江苏省杰出青年获得者，2022

9. 江南大学优秀毕业论文指导教师，2018

10. 全国大学生生命科学创新创业大赛指导教师，2019，2020

以上资料更新时间截止：2022年9月